Sus orígenes se remontan al año 900, aunque algunos historiadores no hablan de su nacimiento, sino de su resurgir nada más comenzado el siglo X. Recuerda esta población a Doña Lambra, conocida por el episodio histórico de la muerte de los siete Infantes de Lara. Cuenta la tradición que esta mujer instigó su muerte en macabra complicidad con su marido, Ruy Velásquez. Pero la venganza de manos de Don Gonzalo, padre de los siete Infantes, no se hizo esperar. Ruy fue apedreado y su esposa, según cuenta la leyenda, murió ahogada en la Laguna Negra. Además, Barbadillo, fue cuna de linajes de abolengo, como los Mayorazgos y los Acuña-Escalona, de cuya riqueza y nobleza fueron muestra sus enormes casonas, bien conservadas en la actualidad. Por sus calles quedan retazos del pasado: se conserva en perfecto estado el rollo. Rollo que pone de manifiesto la existencia de un juez en la villa que administraba justicia. Otra mujer ilustre fue Doña Victoria, que según se cuenta, colaboró con el cura Merino; es más, hizo de espía para él pasándole información confidencial del ejército imperial francés.
Esta localidad pasó a pertenecer a Burgos en 1255 por donación de Alfonso X. Habrá que esperar pues al siglo XV para que el comercio de la lana otorgue a Barbadillo el título de "del Mercado " y lleguen tiempos mejores. Concluyendo, Barbadillo surge en una zona natural de paso y cruce de caminos a la orilla del Arlanza como un asentamiento romano en los alrededores de lo que hoy es la Ermita del Amparo, poblamiento que continúa durante la dominación visigoda ¿desapareciendo? Durante la invasión árabe y surgiendo con su actual nombre, de incierto origen, con el nacimiento del territorio de Lara, pasando sus posesiones a lo largo de la Edad Media al dominio Monacal.
En 1758, la ciudad pidió permiso para vender el pueblo, y, tras diversos problemas, en 1759 Barbadillo compró al Regimiento de Burgos su autonomía concejil por 40.000 reales.